CROM-MASS posee una moderna y sofisticada infraestructura analítica instrumental. Cuenta con 12 cromatógrafos de gases dotados con diversos sistemas de detección: varios detectores de conductividad térmica, ionización en llama, captura de electrones, detector selectivo de nitrógeno-fósforo y fotométrico de llama; sistemas de inyección de muestras multimodales, PTV, split/splitless y on-column; cromatografía bidimensional (tecnología de microfluidos) y cromatografía quiral; tres modernos cromatógrafos líquidos con sistemas de detección de arreglo de diodos , fluorescencia y de dispersión de luz por evaporación. Dispositivos auxiliares, i.e., muestreadores de espacio de cabeza (headspace samplers) y de purga y trampa forman parte importante de la infraestructura del laboratorio analítico instrumental.
CROM-MASS cuenta con ocho espectrómetros de masas de baja y alta resolución. Entre ellos, figuran cuatro cuadrupolos; un sistema tándem, triple cuadrupolo, y dos espectrómetro de masas de tiempo de vuelo de alta resolución, y un analizador de masas Orbitrap con una interfaz de electronebulización (ESI).
Los sistemas de acoplamiento GC-MS, LC-MS y MS-MS son herramientas de base para analizar muestras complejas de diferente procedencia: alimentos, ingredientes naturales, aguas, suelos, fluidos fisiológicos, drogas, explosivos, vegetales, productos naturales, destilados del petróleo, entre otras. Junto con equipos robustos, CROM-MASS cuenta con todos los equipos menores necesarios para realizar la preparación de la muestra, extracciones, concentraciones y clean-up de extractores: Extractores líquido-líquido, en fase sólida, microextracción en fase sólida, destiladores fraccionados, extractores con fluido supercrítico, concentradores, columnas, balanzas analíticas, destiladores de agua, equipos Soxhlet, espectrofotómetros UV-Vis, equipos para extracción asistida por microondas, liofilizador, medidor de mercurio y otros instrumentos.